ככלל, טיפולי המרה הינם מותרים לביצוע במסגרת החוק בישראל. עם זאת, הם מהווים עבירה אתית ומקצועית, כפי שנקבע בניירות העמדה של מספר איגודים מקצועיים טיפוליים בישראל. כמו כן, משרד הבריאות הזהיר את הציבור מפניהם.

 

בשנת 2011 הוציאה התאחדות הפסיכולוגים הישראלית (הפ"י) נייר עמדה, הפוסל מקצועית את טיפולי ההמרה, בטענה שאינם יעילים, מזיקים ומשתמשים בפרקטיקות בעייתיות אתיות וארכאיות.

 

בשנת 2014 הקימה שרת הבריאות יעל גרמן ועדת בדיקה משרדית בשיתוף עם מועצת הפסיכולוגים, הגוף המקצועי הסטטוטורי במשרד הבריאות, שבחנה את הסוגיה וקיבלה עדויות רבות מאת ארגוני הקהילה הדתית הגאה, בתוכם ארגון הו"ד – הומואים דתיים, ואחרים. בתום הבדיקה החליטה לאמץ את נייר העמדה של הפ"י מ-2011, ואף הביאה לפרסום אזהרה בנושא: "טיפולי המרה הם טיפולים הנערכים במטרה לשנות נטייה מינית הומוסקסואלית להטרוסקסואלית. המטפלים בשיטה זו  מייצרים מצג שווא של הכרה מדעית בשיטה, למרות שבפועל אין עדויות מחקריות להצלחת שיטה כלשהי לגבי האפשרות להמרה ויש אף עדויות לנזק אפשרי."

 

באותה שנה, 2014, אימץ איגוד העובדים הסוציאליים את נייר העמדה של הפ"י וחווה דעתו לשלילה בעניין פרקטיקות ההמרה.

 

בשנת 2019 הצטרפה גם ההסתדרות הרפואית בישראל ופירסמה נייר עמדה נוסף, בחתימה נוספת של איגוד הפסיכיאטריה בישראל, איגוד רופאי המשפחה בישראל, האיגוד הישראלי לפסיכיאטריה של הילד והמתבגר, החברה הישראלית לרפואת מתבגרים, האיגוד הישראלי לרפואת ילדים והחברה לרפואת להט"ב. בסיכום נייר העמדה, נכתב כי "אין עדות ליעילותם של טיפולים לשינוי הנטייה המינית או הזהות המגדרית, וכי יש עדויות לנזק אפשרי גם באוכלוסייה הבוגרת ובעיקר בילדים ובמתבגרים. לפיכך אין להפנות לטיפולים אלו ואין להשתתף בהם מבחינה מקצועית ואתית."

 

נייר עמדה זה היה פרי עבודתה של החברה לרפואת להט"ב וקודם על ידה, ובמהלך העבודה עליו נשמעו עדויות של ארגוני הקהילה הדתית הגאה ופעילים נוספים.

 

בכך, הושלם ב-2019 הקונצנזוס המקצועי טיפולי לשלילה בנושא טיפולי ההמרה, ואף שחוות הדעת המקצועיות השליליות ניתנו ע"י יחידים וקבוצות בישראל מזה שנים רבות, וחוות הדעת הטיפוליות, המדעיות, הרפואיות והמקצועיות בעולם כבר הופצו בנושא זה, הובא לראשונה לתודעה המקצועית הציבורית בישראל, בתמיכה מקיר לקיר, הנזק החמור שבטיפולים הללו.

 

העמדה השלילית של משרד הבריאות מ-2014 גזרה אפשרות חדשה: מאותה העת ואילך, ניתן להגיש תלונות לוועדת התלונות של מועצת הפסיכולוגים במשרד הבריאות על כל פסיכולוג מורשה המבצע טיפולי המרה. הפסיכולוג יזומן לשימוע ויעמוד לדין משמעתי בפני הוועדה, שיכולה הלטיל עליו סנקציות מקצועיות עד כדי מניעת עיסוקו בפסיכולוגיה בישראל.

 

תלונה כזו אכן הוגשה ב-2016, על אחד המטפלים שפירסמו בריש גלי את עיסוקם בנושא. התלונה הוגשה ע"י האגודה למען הלהט"ב בישראל ואיגי – ארגון נוער גאה. התלונה לא זכתה למענה, והתקיים דיון בנושא המלך 2016 בוועדה לבקורת המדינה של הכנסת, בו הביעה הוועדה ביקורת חריפה על משרד הבריאות.

 

יש לציין כי מטפלים אחרים שאינם פסיכולוגים לא נופלים תחת סמכות הוועדה בפרט או משרד הבריאות בכלל, ועל כן אינם נתונים לפיקוח בנושא.